O Mirassol Futebol Clube foi fundado em 9 de novembro de 1925, com o objetivo de representar a cidade de Mirassol em amistosos e torneios regionais. Na época, o clube tinha caráter amador e surgiu como um importante símbolo esportivo e social para o município.

Após anos atuando de forma amadora, o Mirassol deu um passo importante ao estrear no futebol profissional em 1951, disputando pela primeira vez o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, equivalente à atual Série A2. A participação marcou o início da trajetória do clube no cenário estadual.

As dificuldades financeiras e estruturais para manter uma equipe em nível estadual fizeram com que, no ano seguinte à estreia profissional, o Mirassol retornasse ao futebol amador. O clube passou por um período de reestruturação, mantendo viva sua tradição no esporte local.

Em 1960, o Mirassol voltou a disputar competições profissionais, desta vez na Terceira Divisão do Campeonato Paulista. Já na temporada seguinte, em 1961, o clube conquistou seu primeiro acesso, subindo para a Segunda Divisão e consolidando sua presença no futebol paulista.

Com o surgimento do GREC (Grêmio Recreação e Esportivo Cultura) e a intensa rivalidade entre os clubes da cidade, as diretorias decidiram, em 1964, unir forças. Assim nasceu o Mirassol Atlético Clube, que representou Mirassol por 18 anos, participando de 11 edições do Campeonato Paulista.

Em 1981, divergências internas levaram ao fim da fusão. No ano seguinte, o Mirassol Futebol Clube voltou oficialmente aos gramados, retomando suas cores tradicionais amarelo e verde, e disputando a Terceira Divisão do Campeonato Paulista. O GREC, por sua vez, encerrou definitivamente suas atividades no futebol.

Após alguns anos na Série A3, o Mirassol viveu um momento especial em 1997, quando conquistou o título da competição ao vencer a União Barbarense. A campanha garantiu o acesso à Série A2 e marcou uma nova fase de crescimento esportivo do clube.

Depois de campanhas consistentes, o Mirassol alcançou em 2007 um dos maiores feitos de sua história ao conquistar o acesso à Série A1 do Campeonato Paulista, terminando a Série A2 na terceira colocação e garantindo vaga entre os principais clubes do estado.

Em sua estreia na elite estadual, em 2008, o Mirassol surpreendeu e terminou o Paulistão na oitava colocação, além de disputar o Troféu do Interior. Em 2009, repetiu o bom desempenho, encerrando o campeonato em sétimo lugar e reforçando sua condição de equipe competitiva.

Após seis temporadas consecutivas na elite do futebol paulista, o Mirassol enfrentou dificuldades em 2013 e acabou rebaixado para a Série A2. O momento marcou o início de um período de reconstrução, com foco em reorganização administrativa e esportiva.

A recuperação veio em 2016, quando o Mirassol fez grande campanha na Série A2 e sagrou-se vice-campeão, garantindo novamente o acesso à elite do Campeonato Paulista. O retorno confirmou a força e a consistência do projeto esportivo do clube.

Nos anos de 2020 e 2021, o Mirassol se consolidou entre os principais clubes do estado ao chegar consecutivamente às semifinais do Paulistão, eliminando equipes tradicionais como São Paulo e Santos, e ganhando destaque nacional.

O ano de 2021 ficou marcado na história do clube com a conquista do Campeonato Brasileiro da Série D. Além do título, o Mirassol garantiu o acesso à Série C, coroando uma campanha sólida e de grande competitividade no cenário nacional.

Mantendo o excelente retrospecto, o Mirassol alcançou em 2022 uma conquista histórica ao sagrar-se Campeão Brasileiro da Série C, vencendo o ABC-RN na grande final. O título confirmou o clube como uma das principais forças emergentes do futebol brasileiro.